分馆的治理机构，基本编制为5名理事，其中3名理事由馆东自荐并选举产生，再加上1名学校代表和1名总馆代表。理事会在工作需要时可以增选理事，由现有理事提名候选人并投票。
分馆理事会任期一年，向馆东大会负责，在业务上接受微澜总馆支持。
要让一个分馆成为“活的图书馆”，分馆理事会需要集体承担的工作包括：
1.安排馆员志愿者轮流在开馆日到图书馆开展服务；
2.定期为图书馆更新图书，改善借阅环境，优化服务流程；
3.负责支出分馆的运营经费，做好财务公开；
4.向社会公众宣传介绍图书馆，争取更多资源投入；
5.对分馆投入关心和关注，发动和实施其他必要的举措。
